Sau khi Chính phủ Quốc dân đảng dời ra Đài Bắc, Ngô giữ chức Chủ tịch tỉnh Đài Loan từ năm 1949-1953. Ngô nỗ lực đem lại nhiều quyền tự trị hơn cho người Đài Loan, cho phép tổ chức bầu cử một số chức vụ tại địa phương. Ngô cũng bổ nhiệm những người từng chỉ trích Trần Nghi vào chính phủ và ra sức loại trừ nạn bạo hành của cảnh sát. Ngô bị các nhân vật bảo thủ trong chính phủ Quốc dân, bao gồm Tưởng Kinh Quốc và Trần Thành chỉ trích kịch liệt. Những tư tưởng dân chủ tự do của ông và tình hình lúc đó (quân cộng sản đe dọa tấn công Đài Loan) không phù hợp.[4]

Ngày 3 tháng 4 năm 1953, một âm mưu ám sát ông bị phát hiện. 7 ngày sau, ông bị cách chức và nhanh chóng rời Đài Loan. Cả gia đình Ngô, trừ một con trai của ông, cũng sang Mỹ. Năm 1954, sau khi người con trai còn lại rời Đài Loan, Ngô bắt đầu lên tiếng về những vấn đề nghiêm trọng trong Chính phủ Quốc dân đảng. Cùng năm, ông viết một bài báo trên tạp chí Look nhan đề "Tiền của quý vị đang đổ vào một chế độ cảnh sát trị tại Đài Loan".[4]

Hoa Kỳ lúc đó đang cố gắng xây dựng một liên minh quân sự với chính quyền Đài Loan để ngặn chặn chủ nghĩa cộng sản. Chế độ cảnh sát trị được sử dụng để trấn áp cộng sản và chỉ kéo dài một thời gian ngắn. Không nhận được bất cứ phản hồi nào từ chính quyền Mỹ về những bài viết của mình, Ngô ở lại Mỹ, làm Giáo sư môn lịch sử Trung Hoa tại Armstrong Atlantic State University, Savannah, Georgia. Trong thời gian này, ông viết nhiều tác phẩm, bao gồm cả một quyển sách phân tích chi tiết nền văn hóa Trung Hoa trên cơ sở thần thoại và huyền sử, nhan đề The Chinese Heritage.

Ngô được nhớ tới nhờ vai trò quan trọng của ông trong việc xây dựng một Đài Loan dân chủ hiện đại và tư tưởng chống cộng, cũng như những phát ngôn chống lại Quốc dân đảng và sự bất đồng với Tưởng Kinh Quốc vốn chịu ảnh hưởng của Liên Xô.